Latitudinal environmental niches and riverine barriers shaped the phylogeography of the Central Chilean endemic Dioscorea humilis (Dioscoreaceae)

The effects of Pleistocene glaciations and geographical barriers on the phylogeographic patterns of lowland plant species in Mediterranean-climate areas of Central Chile are poorly understood. We used Dioscorea humilis (Dioscoreaceae), a dioecious geophyte extending 530 km from the Valparaíso to the Bío-Bío Regions, as a case study to disentangle the spatio-temporal evolution of populations in conjunction with latitudinal environmental changes since the Last Inter-Glacial (LIG) to the present. We used nuclear microsatellite loci, chloroplast (cpDNA) sequences and environmental niche modelling (ENM) to construct current and past scenarios from bioclimatic and geographical variables and to infer the evolutionary history of the taxa. We found strong genetic differentiation at nuclear microsatellite loci between the two subspecies of D. humilis, probably predating the LIG. Bayesian analyses of population structure revealed strong genetic differentiation of the widespread D. humilis subsp. humilis into northern and southern population groups, separated by the Maipo river. ENM revealed that the ecological niche differentiation of both groups have been maintained up to present times although their respective geographical distributions apparently fluctuated in concert with the climatic oscillations of the Last Glacial Maximum (LGM) and the Holocene. Genetic data revealed signatures of eastern and western postglacial expansion of the northern populations from the central Chilean depression, whereas the southern ones experienced a rapid southward expansion after the LGM. This study describes the complex evolutionary histories of lowland Mediterranean Chilean plants mediated by the summed effects of spatial isolation caused by riverine geographical barriers and the climatic changes of the Quaternary. Copyright: © 2014 Bischoff et al.Financial support for this study was provided by a Fundación BBVA BIOCON 05-093/06 project grant to PC and JGSM. JV was supported by a Fundación BBVA Ph.D. grant. JGSM was supported by two consecutive Spanish Aragón Government ‘‘Araid’’ and Spanish Ministry of Science and Innovation ‘‘Ramón y Cajal’’ postdoctoral contracts. PC was partially funded by a Bioflora (http://bifi.es/bioflora/) research team grant co-funded by the Spanish Aragón Government and the European Social Fund.Peer Reviewe

A Multigenomic Approach to the Phylogeny, Evolution and Biogeography of the Grass Subfamily Pooideae with an Emphasis on the Subtribe Loliinae

INTRODUCCIÓN El principal foco de interés de la presente tesis ha sido explorar diversos procesos de duplicación, recombinación, pseudogenización, conversiones génicas y poliploidización en las gramíneas (Poaceae), poniendo un mayor énfasis en la subfamilia Pooideae. Para ello hemos utilizado el análisis de genes nucleares, cloroplásticos y mitocondriales. Estos estudios, junto con la construcción de una robusta filogenia desde un enfoque molecular, la estimación de los tiempos de divergencia y los patrones biogeográficos históricos, logran explicar de lo micro a lo macroevolutivo la aparición de nuevos linajes de gramíneas templadas, y sus patrones de dispersión y de distribución histórica. En su conjunto, esta tesis doctoral ofrece una importante contribución en el campo de la sistemática molecular y evolutiva, logrando avances significativos y ofreciendo nuevas herramientas para el estudio de los genes en las plantas. La presente memoria doctoral está organizada en una introducción, los objetivos, cinco capítulos y las conclusiones finales. DESARROLLO TEÓRICO DE CADA CAPÍTULO En el primer capítulo se evalúa el potencial filogenético del gen nuclear copia simple ß-amylasa, así como la existencia de pseudogenización, paralogía, homeología, y recombinación dentro de una amplia representación de gramíneas (142 especies, 16 muestras de ellas clonadas, clasificadas en 88 géneros y 7 subfamilias). Para ello comparamos la filogenia basada en el gen ß-amylasa con una robusta filogenia organísmica de las gramíneas basada en genes nucleares (ITS) y cloroplásticos (matK, ndhF, trnTL, trnLF). Además, se usan las técnicas de detección de recombinación (RDP4) y detección de códones terminales prematuros (Premature Terminal Codons: PTCs), así como el modelo Branch-Specific Branch-Site REL (Random Effects Likelihood), que nos indica las posibles posiciones nucleotídicas bajo selección purificadora (negativa), neutral y positiva. Nuestros resultados demuestran la existencia de siete secuencias recombinantes y otras tantas bajo selección neutral y/o positiva, lo cual podría indicar la presencia de pseudogenes en el grupo de gramíneas analizado. También hemos descrito la presencia de semi-paralogía (clones de Vulpia alopecuros) y homeología (clones de Festuca simensis, F. fenas y F. arundinacea). Una vez analizadas y propiamente consideradas aquellas secuencias bajo una irregular dinámica evolutiva, el gen nuclear copia simple ß-amylasa resultó ser un buen candidato para resolver diversos conflictos filogenéticos pobremente resueltos hasta la fecha en las Poaceae. El segundo capítulo analiza la distribución y dinámica evolutiva de un tipo muy concreto de elementos transponibles, conocidos como Stowaway MITEs (Miniature Inverted repeat Transposable Elements). Dichos elementos transponibles fueron localizados en el cuarto intrón del gen nuclear copia simple ß-amylasa tras analizar muestras de 117 especies de gramíneas, que representaban a 88 géneros y 4 subfamilias, siendo la subfamilia Pooideae la más ampliamente muestreada. Para analizar la presencia de los Stowaway MITEs se realizó en primer lugar un árbol organísmico de Poaceae basado en genes nucleares (ITS, ß-amylasa) y cloroplásticos (trnTL, trnLF, ndhF y matK). A continuación se comparó la presencia de dichos elementos móviles con el marco filogenético aportado por el árbol organísmico. Nuestros resultados indican la presencia de hasta tres tipos distintos de Stowaway MITEs en el clado BEP de las gramíneas, y su llamativa ausencia de las muestras que representan al clado PACCMAD. Se describen tres hipótesis alternativas para explicar la dinámica evolutiva de dichos elementos en las gramíneas templadas: (i) su adquisición temprana en el ancestro de las Pooideae, seguido de múltiples e independientes pérdidas; (ii) inserciones independientes de hasta tres tipos distintos de ¿Stowaway MITEs¿ en diferentes ancestros en el mismo locus del gen ß-amylasa; (iii) una adquisición temprana de dichos elementos móviles en el ancestro común, seguidas por múltiples pérdidas, readquisiciones y transferencias horizontales a lo largo de la historia del clado BEP. Este capítulo ha sido publicado: Minaya, M., Pimentel, M., Mason-Gamer, R., Catalan, P., 2013. Distribution and evolutionary dynamics of Stowaway Miniature Inverted repeat Transposable Elements (MITEs) in grasses. Molecular Phylogenetics and Evolution 68, 106-118. El tercer capítulo aborda uno de los más recientemente descritos y trascendentales procesos evolutivos en las angiospermas: la transferencia de secuencias génicas entre especies alejadas filogenéticamente o transferencia horizontal de genes (HGT). Para llevar a cabo esta tarea se secuenció parte del gen mitocondrial rps3 en 141 especies de gramíneas, las cuales representaban a 97 géneros y 10 subfamilias. Al igual que en los capítulos anteriores, se comparó la filogenia basada en el gen rps3 con una robusta filogenia organísmica de las gramíneas basada en genes nucleares (ITS, ß-amylasa) y cloroplásticos (matK, ndhF, trnTL and trnLF). Se llevaron a cabo técnicas de detección de recombinación mediante inspecciones visuales y usando programas informáticos específicos como RDP4. También se estimó la existencia de pseudogenización mediante la localización visual de códones terminales prematuros (PTCs), y del modelo Branch-Specific Branch-Site REL. Nuestros resultados indican la presencia de hasta 32 recombinaciones (incluyendo 12 casos de micro-conversiones génicas), y 13 secuencias con una alta proporción de sitios bajo selección positiva y/o neutral. Estos resultados demuestran la naturaleza quimérica del marcador mitocondrial analizado y de su plausible transferencia horizontal entre linajes no emparentados. Estas evidencias también sugieren que la transferencia desde el genoma mitocondrial al genoma nuclear y/o cloroplástico del gen mitocondrial rps3 en gramíneas. El contenido del cuarto capítulo, además de seguir explorando la filogenia de la subfamilia Pooideae, incide en la evolución cromosómica y el ritmo de divergencia y las tasas de diversificación en los linajes de Poaceae. Para ello se secuenciaron cinco regiones cloroplásticas, dos codificantes (ndhF, matk) y tres no codificantes (trnH-psbA, trnTL y trnLF) en una selección de 170 especies de gramíneas, representativas de 9 subfamilias de Poaceae. La evolución cromosómica fue analizada mediante el programa chromEvol, que utiliza el método máximo-verosímil, los tiempos de divergencia fueron estimados en el programa bayesiano BEAST, y las tasas de diversificación fueron evaluados con el programa MEDUSA. Los resultados filogenéticos corroboraron otras reconstrucciones recientes de Poaceae e indicaron que las Pooideae comenzaron su diversificación en el Eoceno medio, lo cual podría estar relacionado con el descenso de temperatura global detectado a partir de esa época. Los análisis sobre la evolución del número de cromosomas mostraron que el número de cromosomas permanece estable a través de la filogenia de las Pooideas. Además, nuestros resultados indican que la evolución poliploide ha sido predominante sobre la diploide, lo cual contradice las hipótesis postuladas recientemente para diversas angiospermas. El quinto y último capítulo de esta tesis doctoral explora la filogenia, los tiempos de divergencia calibrados con dataciones fósiles y los patrones biogeográficos históricos en Loliinae (Pooideae), con un especial enfoque en las regiones australes más pobremente estudiadas hasta la fecha (Sudamérica, África tropical, Sudáfrica, Australia y Nueva Zelanda). Este trabajo utilizó aproximaciones bayesianas (BEAST) para la estimación de los tiempos de divergencia y métodos de reconstrucción biogeográfica mediante análisis de dispersión, extinción, y cladogénesis (DEC models). Se utilizaron secuencias del gen nuclear (ITS) y de los genes cloroplásticos (trnTL, trnLF) en 178 especies de Loliinae. Nuestros resultados sugieren que el ancestro común de las Loliinae apareció durante el Oligoceno tardío, lo que supone un adelanto con respecto a las últimas estimaciones publicadas. La mayor parte de las divergencias estimadas en los principales linajes de Loliinae ocurrieron entre el Mioceno medio y el inferior. Los escenarios biogeográficos estimados sugieren la existencia de recurrentes dispersiones a larga distancia (Long Distance Dispersions; LDD), neocolonizaciones y recolonizaciones, principalmente desde el hemisferio norte al hemisferio sur, pero también en dirección opuesta, y entre áreas situadas en el hemisferio sur. Nuestras inferencias indican que las Loliinae de hoja ancha (broad-leaved Loliinae) presentan un ancestro común originario del Mediterraneao occidental. Sin embargo, las Loliinae de hoja fina (fine-leaved Loliinae) se originaron de forma independiente en el Mediterráneo occidental y en Sudamérica. CONCLUSIONES GENERALES La compleja y singular dinámica evolutiva del gen nuclear copia simple (LCNG) ß-amylase y del gen mitocondrial rps3 en Poaceae ha sido corroborada a través de la detención de multitud de secuencias bajo pseudogenización, paralogía, homeología, recombinación y desplazamientos filogenéticos. La existencia de MITEs (Miniature Inverted Repeat Transposable Elements) en regiones intrónicas y espacios intergénicos de los genes ß-amylase, Xylose isomerase (xly), Barley leucine zipper (blz-1), Nucellin (nuc) y Disrupted meiotic cDNA (dmc1) nos ayuda a interpretar la compleja dinámica evolutiva del genoma nuclear de las gramíneas, el cual ha resultado ser mucho más complejo e intrincado de lo esperado. La hipótesis más plausible que explica la existencia de dichos elementos transponibles dentro de las Loliinae templadas es su adquisición independiente en diferentes momentos, seguida de múltiples pérdidas y transferencias horizontales. La identificación y evaluación de genes y secuencias bajo recombinación y con una presión evolutiva negativa es un paso clave en el uso de marcadores moleculares como fuente de datos en reconstrucciones filogenéticas. La existencia de dichos singulares eventos evolutivos ha resultado ser mucho más común de lo esperado en gramíneas. Quizá estemos en los albores de entender que el modelo de evolución génica en plantas, actualmente limitado a especiaciones, duplicaciones y pérdidas de genes, es mucho más amplio debiéndose incorporar a la rutina investigadora fenómenos como microconversiones, o transferencias horizontales de genes entre especies alejadas filogenéticamente. Las filogenias presentadas en esta tesis, basadas en marcadores nucleares (ITS, ß-amylase) y plastídicos (matK, ndhF, trnH-psbA, trnTL and trnLF), fueron en general altamente congruentes con los trabajos publicados hasta la fecha. Cabe destacar las nueva relación observada entre Brachypodieae + core pooids clade, y los cinco nuevos linages descritos correspondientes mayormente a Loliinae Australes: el clado Euroasiatico ¿ Sur Americano, el clado sur Africano ¿ centro Americano, el clado de Africa tropical ¿ sur Africano, el clado de Vulpias Americanas + Pampas, y el clado Afroalpino. Las dataciones de Pooideae calibradas con fósiles indican que la diversificación más temprana dentro del clado BEP ocurrió entre el Paleoceno medio y el Eoceno temprano. Dichas diversificaciones parecen estar relacionadas con un periodo de calentamiento global. Sin embargo, el desarrollo de un clima más frío y seco durante el Eoceno tardío y el Oligoceno favoreció la diversificación de las Pooideae debido probablemente a la formación de grandes espacios abiertos en forma de prados y praderas. Nuestras estimaciones indican que la subtribu Loliinae se originó durante el Oligoceno tardío, y divergió fundamentalmente durante el Mioceno medio y el tardío. Los escenarios biogeográficos reconstruidos para la subtribu Loliinae sugieren que la mayor parte de sus ancestros se dispersaron mediante neocolonizaciones, recolonizaciones y migraciones a larga distancia desde el hemisferio norte al sur, pero también en dirección opuesta e incluso dentro del hemisferio sur. Las ¿festucas de hoja ancha¿ presentaron un inequívoco ancestro común en el Mediterráneo occidental. Sin embargo, el grupo de las festucas de hoja fina muestran dos orígenes independientes: el Mediterráneo occidental y la región Patagónica

Orobanche lainzii (J. Gómez Navarro et al.) Triano & A. Pujadas, comb. nov., (Orobanchaceae), in eastern Andalusia (Spain)

Orobanche lainzii (J. Gómez Navarro et al.) Triano & A. Pujadas, comb. nov., (Orobanchaceae), in eastern Andalusia (Spain). Palabras clave. Jopo, conservación, Península Ibérica. Key word. Broomrape, conservation, Iberian Peninsula

Genome annotation, comparative genomics and evolution of the model grass genus Brachypodium (Poaceae)

INTRODUCCIÓNEn esta Tesis Doctoral se han llevado a cabo estudios evolutivos, biogeográficos, genómicos, transcriptómicos y de expresión génica en los taxones que integran el género Brachypodium (Poaceae) con el objetivo de descifrar los eventos de especiación que han dado lugar a las especies de dicho género. La tesis está constituida por cuatro capítulos con sus respectivos cuatro apéndices. DESARROLLO TEÓRICOCapítulo 1. Reconstrucción de los orígenes y la biogeografía de los genomas de las especies del género modelo de gramíneas Brachypodium, altamente reticulado y rico en especies alopoliploides, mediante métodos de evolución mínima, coalescencia y máxima verosimilitud (Reconstructing the origins and the biogeography of species’ genomes in the highly reticulate allopolyploid-rich model grass genus Brachypodium using minimum evolution, coalescence and maximum likelihood approaches).Se ha reconstruido la filogenia y la historia biogeográfica de las especies reconocidas de Brachypodium mediante el análisis evolutivo del gen nuclear copia simple GIGANTEA (GI), y de otros genes tanto nucleares (ITS, ETS) como plastídicos (ndhF, trnL-F). Para ello se han desarrollado análisis de redes haplotípicas, de mapeo de los alelos poliploides en el árbol de especies diploides por evolución mínima y de construcción del árbol de especies (de genomas y subgenomas), así como la reconstrucción biogeográfica y el cálculo de los tiempos de divergencia de los subgenomas homeólogos por métodos máximo verosímiles y bayesianos, respectivamente, y la estimación por coalescencia de los posibles tiempos en los que se produjeron los eventos de hibridación que dieron lugar a las especies alopoliploides.Nuestros resultados apoyan la naturaleza alopoliploide de las especies poliploides del género, así como un escenario espacio-temporal de diversas divergencias y fusiones de los genomas en las diferentes áreas ancestrales, mostrando un claro predominio de la dispersión de los genomas diploides frente a los alopoliploides. También han sido inferidos los tiempos de divergencia de todas los linajes estudiados, desde el más ancestral, B. stacei (6,8 Ma) hasta los más recientes del “core perennial” (0,7-0,3 Ma).Capítulo 2. Mapeos sinténicos contra genomas de referencia y estudios filogenómicos basados en análisis multigénicos revelan los ancestros de los subgenomas homeologos de especies alopoliploides del género Brachypodium. (Reference-genome syntenic mapping and multigene-based phylogenomics reveal the ancestry of homeologous subgenomes in grass Brachypodium allopolyploids).Se llevaron a cabo mapeos sinténicos de datos transcriptómicos y de genotipado genómico (GBS) contra los genomas de referencia de Brachypodium desarrollando nuestros propios algoritmos y herramientas bioinformáticas. Con esos datos se ha reconstruido la filogenia y se han datado los orígenes de los genomas y subgenomas presentes en especies diploides y alopoliploides de Brachypodium empleando métodos bayesianos y de máxima verosimilitud. Adicionalmente, se ha obtenido y analizado el pan-transcriptoma de las especies estudiadas, identificando genes potencialmente exclusivos de determinados grupos de especies.Los análisis filogenéticos basados en datos transcriptómicos junto con la obtención de tamaños genómicos nos ha permitido elucidar complejos escenarios de hibridación para los subgenomas homeologos de las seis especies alopoliploides de Brachypodium estudiadas, mostrando distintos eventos de hibridación que implican únicamente a genomas ancestrales, a genomas ancestrales y recientes, y únicamente a genomas recientes. Nuestros resultados apoyan el origen ancestral de B. mexicanum, el intermedio de B. boissieri y B. retusum, y la rápida radiación de las especies del “core perennial”.Los capítulos 1 y 2 suponen un completo análisis del género Brachypodium, en especial de las especies alopoliploides, cuyos resultados apoyan y datan los eventos evolutivos que han dado lugar a la compleja y reticulada historia evolutiva que presenta dicho género así como los posibles linajes progenitores de las especies alopoliploides. Capítulo 3. Genómica comparada del plastoma y filogenómica de Brachypodium: improntas de los tiempos de floración, introgresión y recombinación en los ecotipos recientemente evolucionados. (Comparative plastome genomics and phylogenomics of Brachypodium: flowering time signatures, introgression and recombination in recently diverged ecotypes).Se han ensamblado, anotado y analizado los genomas organulares (plastomas) de un amplio número de ecotipos de las especies anuales de Brachypodium, y se ha reconstruido su filogenia, comparándola con la de sus genomas nucleares. Se ha dilucidado la diversificación de los ecotipos y su relación con factores de tiempos de floración y geográficos. El estudio comparativo de los 57 genomas cloroplásticos ensamblados y anotados, 53 B. distachyon, 3 B. hybridum y 1 B. stacei, ha revelado reordenamientos genómicos, como la inserción de 1161 pb y la deleción de una de las copias del gen rps19, característicos de las especies B. stacei y B. hybridum (plastoma tipo stacei), respecto de las líneas de B. distachyon. Se han estimado sus orígenes mediante datación anidada dentro del marco evolutivo de las gramíneas y, para las líneas de B. distachyon, se ha comparado la filogenia plastómica con la nuclear, detectándose una divergencia clara de dos linajes intra-específicos, relacionada con sus tiempos de floración, y una subestructuración más reciente relacionada con su geografía, así como la evidencia de capturas cloroplásticas e introgresión entre clados distantes. Estos datos apoyan que la tendencia a la microespeciación se ve frenada por procesos de introgresión recurrente.Capítulo 4. Características de las redes de co-expresión y los genes diferencialmente expresados explican los patrones de respuesta a sequía en la gramínea modelo Brachypodium distachyon. (Co-expression network features and differentially expressed genes explain drought-response patterns in the model grass Brachypodium distachyon).Se han identificado y analizado genes funcionales implicados en la respuesta ambiental a estrés hídrico mediante el análisis de redes de co-expresión génica y de genes diferencialmente expresados en diversos ecotipos de la planta modelo Brachypodium distachyon.Se han analizado tanto la topología de dichas redes como los genes e isoformas más interconectadas, detectando 38 módulos en la red de co-expresión bajo condiciones de sequía, con 628 genes altamente interconectados (820 transcritos), y 30 módulos en la red de co-expresión en condiciones de riego con 839 genes altamente interconectados (1072 transcritos). Además se han identificado los procesos biológicos en los que están implicados los genes co-expresados, encontrando cinco módulos exclusivos de la red bajo condiciones de sequía de los cuales tres están directamente relacionados con procesos de respuesta a estrés hídrico. Estos resultados han sido correlacionados con datos pan-genómicos observando que la mayoría de los genes co-expresados son genes “core”, conservados en todos la líneas estudiadas, o “soft-core”, conservados en más del 90% de las líneas estudiadas.CONCLUSIONES1-Los análisis evolutivos y biogeográficos de los 20 taxones reconocidos del género Brachypodium empleando cinco genes (tres nucleares y dos plastídicos) indican que aproximadamente la mitad de las especies son diploides y la otra mitad alopoliploides. El análisis de evolución mínima de “injerto” de alelos alopoliploides en las ramas del árbol diploide recobra los linajes homeólogos (subgenomas) de los alopoliploides. Las sucesivas divergencias de los linajes de las diploides anuales (B. stacei, B. distachyon) tuvieron lugar durante el Mioceno tardío-Plioceno en la cuenca Mediterránea, mientras que las de los linajes de las diploides perennes (B. arbuscula, B. genuense, B. sylvaticum, B. glaucovirens, B. pinnatum-2x y B. rupestre-2x) ocurrieron durante el Cuaternario en las regiones Mediterránea y Euroasiática, con colonizaciones esporádicas de otros continentes. Las respectivas divergencias de los linajes homeólogos de los alopoliploides tuvieron lugar en distintos tiempos evolutivos. Nuestro escenario biogeográfico apoya la existencia de dispersiones a larga distancia únicamente en los linajes diploides, mientras que todos los eventos de hibridación y duplicación genómica ocurrieron dentro de las áreas ancestrales progenitoras más recientes, sin posteriores expansiones de área.2- Los análisis filogenómicos mediante datos de RNA-seq y GBS han identificado a B. mexicanum como la especie alopoliploide más antigua mostrando subgenomas de tipo ancestral (A) y materno de tipo stacei (B) (Mioceno medio-tardío). Los alopoliploides de elevado nivel de ploidía, B. boissieri y B. retusum, muestran tres y cuatro subgenomas respectivamente. Ambas especies presentan subgenomas A y B así como el subgenoma intermedio tipo distachyon (C) (Mioceno-Plioceno) (heredado maternalmente en B. boissieri). B. retusum también presenta un subgenoma materno tipo core perennial recientemente evolucionado (D) (Cuaternario). Los alotetraploides del clado core perennial B. rupestre y B. phoenicoides muestran únicamente subgenomas recientemente evolucionados tipo C y D (Cuaternario), siendo los diploides perennes B. pinnatum y B. sylvaticum sus respectivos progenitores maternos. El reciente alopoliploide B. hybridum se formó repetidamente y mediante cruzamientos bidireccionales durante el Cuaternario y es el único alopoliploide del que se conocen ambos progenitores diploides actuales, B. distachyon y B. stacei.3- Los análisis pan-transcriptómicos de 5202 conjuntos de tránscritos del género Brachypodium muestran genes expresados exclusivamente en los grupos de especies perennes (30), anuales (49), poliploides (14), alopoliploides más antiguos (143), especies ancestrales (14) y especies recientemente evolucionadas (52). Los tránscritos exclusivos de los alopoliploides antiguos podrían estar asociados con su genoma ancestral tipo A. Los tránscritos anotados como subunidad ARN polimerasa, encontrados únicamente en todas las especies anuales de Brachypodium, podrían indicar la existencia de diferencias en los niveles de expresión de las ARN polimerasas entre las especies anuales y perennes, o la pérdida de copias ancestrales en las especies perennes más recientemente evolucionadas.4- Los análisis pan-genómicos de los plastomas de 53 ecotipos de B. distachyon, 3 de B. hybridum y 1 de B. stacei han detectado una inserción (1161 pb) y una deleción en una de las copias del gen rps19 que diferencian a los plastomas de B. stacei y B. hybridum con respecto a los de B. distachyon, sin que se haya observado variación en el contenido génico entre los plastomas de B. distachyon.5- El árbol filogenómico de los plastomas de B. distachyon muestra la divergencia de dos linajes principales, correspondientes a los clados Extremely Delayed Flowering (EDF+) y Spanish (S+) – Turkish (T+), sugiriendo que el tiempo de floración es un factor decisivo en la divergencia intra-específica de B. distachyon. La comparación topológica entre las filogenias nucleares y plastídicas de esta especie revela nueve eventos de captura cloroplástica y dos de introgresión y micro-recombinación entre esos clados, apoyando la existencia de flujo génico entre linajes previamente aislados. Los intercambios de plastomas entre los tres grupos, EDF+, T+, S+, probablemente hayan sido el resultado de retro-cruzamientos aleatorios seguidos de estabilización por presión selectiva.6- Los análisis mediante redes ponderadas de co-expresión génica llevados a cabo en 33 ecotipos de B. distachyon bajo condiciones de sequía y riego identificaron cinco módulos exclusivos de la red de sequía, incluyendo 465 isoformas y 11 genes altamente interconectados (hubs). El análisis seleccionó genes candidatos y factores de transcripción (bHLH, ABF1, MADS box) potencialmente implicados en la regulación de la respuesta a sequía, tales como la síntesis de prolina y las respuestas a carencias de agua o fosfato, así como a estímulos por temperatura. Los análisis de expresión diferencial de genes en los ecotipos han detectado 4941 tránscritos, de los cuales dos terceras partes están sobre-expresados en las plantas en condiciones de sequía con respecto a las sometidas a condiciones de riego. Los análisis pan-transcriptómicos muestran que la mayoría de los genes expresados en ambas condiciones son genes del core, presentes en todos los ecotipos estudiados, mientras que una fracción de los genes hub corresponden a genes soft-core y shell, encontrados únicamente en algunos ecotipos. <br /

Plan de comunicación Consum cero residuo

Treball Final de Grau en Publicitat i Relacions Públiques. Codi: PU0932. Curs acadèmic: 2019/2020En estos momentos, el mundo está viviendo una contaminación ambiental producida, entre otras cosas, por la utilización de envases de un solo uso y el excesivo packaging de los productos. En respuesta a estas alertas ha surgido el movimiento zero waste una filosofía que busca alternativas a los productos con exceso embalaje por otros que no los tengan con el objetivo de ser más respetuosos con el medio ambiente. Gracias a esta concienciación muchas empresas están adoptando prácticas responsables con el medio ambiente, algunas adaptan el 100% de las prácticas zero waste, mientras que otras recurren a otras vías menos contaminantes. A raíz de este movimiento nacieron las tiendas especializadas en el cero residuo que se encuentran, en su mayoría, en los centros de las ciudades más grandes. Por esta razón, el objetivo de este proyecto ha sido crear una marca que se ponga a la venta en un supermercado cuya característica principal sea su accesibilidad y cuya presencia esté repartida en mayor o menor medida por toda la geografía española. Por ello, he escogido los supermercados Consum puesto que sus establecimientos se caracterizan por adaptarse a la zona en la que se encuentran y por su facilidad para adaptarse a los cambios. De la misma forma, este supermercado cuenta ya con una marca ecológica, Consum eco, hecho que facilita la introducción de nuevos productos con la marca basada en el movimiento cero waste

Tractor PT: A traction prediction software for agricultural tractor

Traction prediction modelling, a key factor in farm tractor design, has been driven by the need to find the answer to this question without having to build physical prototypes. A wide range of theories and their respective algorithms can be used in such predictions. The “Tractors and Tillage” research team at the Polytechnic University of Madrid, which engages, among others, in traction prediction for farm tractors, has developed a series of programs based on the cone index as the parameter representative of the terrain. With the software introduced in the present paper, written in Visual Basic, slip can be predicted in two- and four-wheel drive tractors using any one of four models. It includes databases for tractors, front tyres, rear tyres and working conditions (soil cone index and drawbar pull exerted). The results can be exported in spreadsheet format

Design parameters for continuously variable power-split transmissions using planetaries with 3 active shafts

Since 1996, when the first agricultural tractor with CVT transmission was shown, the presence of this type of transmissions has been increasing. All companies offer them in their products range. Nevertheless, there is little technical documentation that explains the basics of its operation. This report shows all types of CVT transmissions: non-power-split type and power-split ones, as well as the three types used in agricultural tractors, hydro-mechanical power-split transmissions (3 active shafts, input coupled planetary; 3 active shafts, output coupled planetary and 4 active shafts). The report also describes the design parameters of a type of CVT transmission, which use a power-split system with 3 active shafts as well as the fundamental relations among them. Crown Copyright 2010 Published by Elsevier Ltd. on behalf of ISTVS. All rights reserved

Multiple colonizations, in situ speciation, and volcanism-associated stepping-stone dispersals shaped the phylogeography of the Macaronesian red fescues (Festuca L., Gramineae)

Whereas examples of insular speciation within the endemic-rich Macaronesian hotspot flora have been documented, the phylogeography of recently evolved plants in the region has received little attention. The Macaronesian red fescues constitute a narrow and recent radiation of four closely related diploid species distributed in the Canary Islands (F. agustinii), Madeira (F. jubata), and the Azores (F. francoi and F. petraea), with a single extant relative distributed in mainland southwest Europe (F. rivularis). Bayesian structure and priority consensus tree approaches and population spatial correla tions between genetic, geographical, and dispersal distances were used to elucidate the phylogeographical patterns of these grasses. Independent versus related origins and dispersal versus isolation by distance (IBD) hypotheses were tested to explain the genetic differentiation of species and populations, respectively. Genetic structure was found to be geographi cally distributed among the archipelagos and the islands endemics. The high number of shared AFLP fragments in all four species suggests a recent single origin from a continental Pliocene ancestor. However, the strong allelic structure detected among the Canarian, Madeiran, and Azorean endemics and the significant standardized residual values obtained from structured Bayesian analysis for pairwise related origin hypotheses strongly supported the existence of three independent continental-oceanic colonization events. The Canarian F. agustinii, the Madeiran F. jubata, and the two sister F. francoi and F. petraea Azorean species likely evolved from different continental founders in their respective archipelagos. Despite the short span of time elapsed since colonization, the two sympatric Azorean species probably diverged in situ, following eco logical adaptation, from a common ancestor that arrived from the near mainland. Simple dispersal hypotheses explained most of the genetic variation at the species level better than IBD models. The optimal dispersal model for F. agustinii was a bidirectional centripetal stepping-stone colonization pattern, an eastern-to-western volcanism-associated dispersion was fa vored for F. francoi, whereas for the recently derived F. petraea a counterintuitive direction of colonization (west-to-east) was suggested. The population-based phylogeographical trends deduced from our study could be used as predictive models for other Macaronesian plant endemics with similar distribution areas and dispersal abilities. [Bayesian genetic analyses; colonization of oceanic islands; dispersal models; Festuca sect. Aulaxyper; Macaronesia; phylogeography.]info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Una especie casi olvidada de Campanula (Campanulaceae)

A neglected species of Campanula (Campanulaceae)Palabras clave. Campanula cabezudoi, C. broussonetiana, C. transtagana, C. specularioides, C.lusitanica, C. decumbens, C. dieckii, taxonomía, W Mediterráneo.Key words. Campanula cabezudoi, C. broussonetiana, C. transtagana, C. specularioides, C. lusitanica, C. decumbens, C. dieckii, taxonomy, W Mediterranean basin